PdfDocument inputDocument1 = PdfReader.Open("Chapter1.pdf", PdfDocumentOpenMode.Import);
            PdfDocument inputDocument2 = PdfReader.Open("Chapter2.pdf", PdfDocumentOpenMode.Import);

            PdfDocument outputDocument = new PdfDocument();

            outputDocument.PageLayout = PdfPageLayout.OneColumn;

            for (int idx = 0; idx < inputDocument1.PageCount; idx++)
            {
                // Get page from the document
                PdfPage page1 = inputDocument1.PageCount > idx ?
                inputDocument1.Pages[idx] : new PdfPage();
 
                // Add pages to the output document
                page1 = outputDocument.AddPage(page1);
             }

            for (int idx = 0; idx < inputDocument1.PageCount; idx++)
            {
                // Get page from 2nd document
                PdfPage page2 = inputDocument2.PageCount > idx ?
                inputDocument2.Pages[idx] : new PdfPage();

                // Go through all the Annotations for the page
                foreach (PdfAnnotation item in page2.Annotations)
                {
                    // If the annotation has a Destination make it go to the top of the
                    // page instead of somewhere in the middle.
                    if (item.Elements["/Dest"] != null)
                    {
                        PdfArray test = (PdfArray)item.Elements["/Dest"].Clone();
                       
                        // These two lines of code make the link jump to the X, Y coordinate on the page 2=x 3=y
                        test.Elements[2] = new PdfInteger(0);
                        test.Elements[3] = new PdfInteger(0);
                        item.Elements["/Dest"] = test;
                    }
                }

                page2 = outputDocument.AddPage(page2);
            }           
 
            // Save the document...
            const string filename = "CompareDocument1_tempfile.pdf";
            outputDocument.Save(filename);